Die Kirche

Die Westfassade umschließt das Hauptportal der Kirche. Sein schräges Gewände schneidet tief in die Mauer ein und schafft damit Raumtiefe für ein eindrucksvolles Tympanon und eine darüberliegende emporenartige Anlage mit Brüstung und einer betenden Christusfigur. Zu den Besonderheiten der Westfassade gehören neben dem Halbrelief der „Heiligen Kümmernis“ und dem großen Maßwerkfester über dem Hauptportal eine Außenkanzel an der Süd-West-Ecke. Der gesamte Außenbau wird von Strebepfeilern umzogen. Ihre Stirnwände sind mit reichhaltig gestalteten Konsolen (z.B. Heringsmännchen), Baldachinen und krabbenbesetzten Fialen geschmückt. Alle Schmuckformen der Südseite wurden in den Jahren 1935 – 39, die Nordseite nach 1990 restauriert und zum Teil erneuert.

Der Eindruck vom Innenraum wird durch die mächtigen Pfeiler und deren rote Farbgebung bestimmt. Der Chor ist um drei Stufen erhöht. Seine lichte Weiträumigkeit steht im Gegensatz zu dem dunkleren, gedrungen wirkenden Langhaus. Bei der 1982 durchgeführten Restaurierung der Kirche wurde der Innenraum nach mittelalterlichen Befunden gestaltet und vermittelt dem heutigen Betrachter einen Eindruck seiner ursprünglichen Farbigkeit. Gleichzeitig wurde im Chorgewölbe unter einem Farbanstrich des 17. Jahrhunderts die Darstellung einer „Himmelswiese“ entdeckt. Aus der Fülle der Blumen und Pflanzen konnten nahezu 80 botanisch bestimmt werden, wodurch sich ein Katalog mittelalterlicher Pflanzensymbolik ergab. Die Veronikakapelle, im Winkel zwischen Chor und Nordturm, wird von einem zierlichen Netzgewölbe überspannt, dass auf Konsolen mit spiralig gedrehten und durchgesteckten Profilen endet.

Von den fünf Altären, die in einem Inventarverzeichnis von 1417 aufgeführt sind, dezimierte sich der Bestand auf wenige erhalten gebliebene Reste, welche sich heute im Museum in Meiningen befinden. Der Mittelschrein eines spätgotischen Altars, der bis zur letzten Innenrenovierung im Chor der Kirche stand, befindet sich heute wieder an seinem ursprünglichen Aufstellungsort in der Veronikakapelle. Dieser Altar stammt vermutlich aus der Saalfelder Werkstatt des Saalfelder Meisters des Schwarzaer Altars.
Im Inneren der Kirche sind mehrere Grabsteine erhalten, die zum Teil von den beiden alten Saalfelder Friedhöfen stammen. Lokalgeschichtliche Bedeutung hat der Grabstein des 1556 verstorbenen Jacob Kelz, Bürgermeister und Erbauer des Rathauses.
An der Chornordwand befindet sich ein gewebter Wandteppich in Form eines Gedenkbildes oder Epitaphs für den 1574 verstorbenen Ritter Wendel von Gräfendorf. An der Ostwand des südlichen Seitenschiffes ist ein spätgotisches Sandsteinrelief aus der Zeit um 1500 angebracht, welches aus der nach der Reformation zerstörten Marienkapelle vor dem Benediktinerkloster im Norden Saalfelds stammt. Es wurde nach der Renovierung der Johanneskirche im Jahr 1895 an seinen jetzigen Standort verbracht.
Die Chorfenster erzählen vom Leben Jesu und versinnbildlichen damit die großen Feiertage des Kirchenjahres: Weihnachten, Johannestag, Karfreitag und Ostern. Die Fenster stammen aus der großen Umgestaltung der Kirche in den Jahren vor 1900. In jüngster Zeit erhielten alle Fenster nach umfangreicher Sanierung der Bleiverglasung zusätzlich eine Außenschutzverglasung nach einem neu patentierten Verfahren. Vier Fenster in den Seitenschiffen besitzen Glasmalereien aus dem Mittelalter. Sie zeigen im Süden Darstellungen von "Maria, der Himmelskönigin" und "Anna Selbdritt" sowie eine von Engeln getragene Monstranz mit geweihter Hostie. Im Norden sind Johannes der Täufer - der Namensgeber der Kirche - in leuchtend rotem Gewand sowie zwei Bischöfe zu sehen.
Die Orgel auf der Westempore stammt ursprünglich aus dem 18. Jahrhundert. Der Prospekt wurde von Johann-Georg Ziegenspeck, einem Saalfelder Hofmaler, geschaffen. Die Firma Wilhelm Sauer aus Frankfurt/Oder baute 1894 in den vorhandenen Prospekt ein pneumatisches Orgelwerk mit 3.500 Pfeifen in 48 Registern auf drei Manualen und einem Pedal ein. 1993 - 96 wurde die Orgel umfassend restauriert.